Hanna Müller ist seit Januar 2019 im Bundesministerium des Innern, für Bau und Heimat beschäftigt und leitet dort das Referat „Politische Ordnungsmodelle und wehrhafte Demokratie“. Das neu gegründete Referat befasst sich mit der Analyse und Bewertung autoritärer Regierungen und nicht staatlicher Akteure, ihrer Ideologien und ihrer Einflussnahme auf die öffentliche Meinung sowie das politische Leben in Deutschland und Europa. Von 2012 an war sie als Senior Manager für Greater China im Bundesverband der Deutschen Industrie e.V. (BDI) in der Abteilung Internationale Märkte und im Asien-Pazifik-Ausschuss der Deutschen Wirtschaft (APA) tätig. 2016 wurde sie mit dem Aufbau und der Leitung des ersten BDI-Repräsentanzbüros in China/Beijing betraut.